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高等研究実習院中国宗教学部長に就任した。

第二次世界大戦中、フランスがドイツ軍に占領されていた最中の1944年7月、テロ活動容疑で逮捕され、ブーヘンヴァルト強制収容所に送られた。当時のドイツの中国学者で唯一非ナチ党員だった、フリードリヒ＝ヴィルヘルム大学教授エーリヒ・ヘンシュはマスペロの釈放に尽力したがかなわず、収容所が連合軍により解放される直前の1945年3月にマスペロは収容所内で衰弱死した。