チャールズ・ロバート・ダーウィン 1809年2月12日にイングランドのシュロップシャー州シュルーズベリーにて、医師で投資家だった父ロバート・ダーウィンと母スザンナ・ダーウィンの間に、6人兄弟の5番目の子供（次男）として生まれた。
父方の祖父は高名な医師・博物学者であるエラズマス・ダーウィンであり、母方の祖父は陶芸家・企業家であるジョサイア・ウェッジウッドである。 祖父同士は博物学者として、父ロバートと叔父ジョサイア2世（母スザンナの弟）は実業家としてダーウィン家とウェッジウッド家は親密であり、両親など数組の婚姻が結ばれ、近しい姻戚関係にあった。母スザンナはダーウィンが8歳のときに没し、キャロラインら3人の姉が母親代わりをつとめた。
ウェッジウッド家は英国国教会を受け入れていたが、両家とも、もともとはおもにユニテリアン教会の信徒だった。
ダーウィン家はホイッグ党の急進的でリベラルな考え方に同調していた。
一族の男性は密かな自由思想家で非宗教的だったが、父ロバートはしきたりに従って子どもたちに英国国教会で洗礼を受けさせた。
しかしダーウィンは兄妹や母とともにユニテリアンの教会へ通った。南米の探検旅行に同行した経験がある黒人の解放奴隷ジョン・エドモンストーンから動物の剥製製作術を学んだ。
